Каждая саентологическая церковь является отдельной организацией, ею управляет её совет директоров. Руководители и администраторы составляют духовное руководство церкви и несут полную ответственность за предоставление одитинга и духовного обучения прихожанам.
Международная церковь Саентологии (МЦС), материнская церковь всей саентологической религии, находится в Лос-Анджелесе, Калифорния. МЦС наблюдает за церковной деятельностью всех саентологических церквей, организаций и групп по всему миру и следит за тем, чтобы эти церкви получали наставление в своём служении. МЦС также обеспечивает широкомасштабное планирование и управление, необходимое для поддержки международного роста Церкви.